パッケージ: python-cogent (1.9-14)

[ ソース: python-cogent  ]

framework for genomic biology

PyCogent is a software library for genomic biology. It is a fully integrated and thoroughly tested framework for:

 * controlling third-party applications,
 * devising workflows; querying databases,
 * conducting novel probabilistic analyses of biological sequence
   evolution, and
 * generating publication quality graphics.

It is distinguished by many unique built-in capabilities (such as true codon alignment) and the frequent addition of entirely new methods for the analysis of genomic data.

タグ: 生物学: タンパク質, ソフトウェア開発: Python での開発, ライブラリ, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: implemented-in::python, interface::commandline, 役割: 開発ライブラリ, プログラム, 目的: use::analysing, use::comparing

その他の python-cogent 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.4)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: python

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (Python2 バージョン)

  dep: python (<< 2.8)

  dep: python (>= 2.7~)

• dep: python-matplotlib

  Python based plotting system in a style similar to Matlab

• dep: python-numpy (>= 1:1.16.0~rc1)

  Numerical Python - Python 言語に高速な配列操作機能を追加

• dep: python-numpy-abi9

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: python-numpy

• rec: blast2

  transitional dummy package to ncbi-blast+-legacy

• rec: cd-hit

  suite of programs designed to quickly group sequences

• rec: clearcut

  extremely efficient phylogenetic tree reconstruction

• rec: dialign

  Segment-based multiple sequence alignment

• rec: muscle

  タンパク質配列のマルチプルアライメントプログラム

• sug: cdbfasta

  Constant DataBase indexing and retrieval tools for multi-FASTA files

• sug: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• sug: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• sug: infernal

  inference of RNA secondary structural alignments

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mothur

  微生物の研究のための配列解析スイート

• sug: parsinsert

  Parsimonious Insertion of unclassified sequences into phylogenetic trees

• sug: python-cogent-doc

  docs for python-cogent

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• sug: rdp-classifier

  extensible sequence classifier for fungal lsu, bacterial and archaeal 16s

• sug: rtax

  Classification of sequence reads of 16S ribosomal RNA gene

python-cogent のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	2,394.6 kB	7,765.0 kB	[ファイル一覧]