パッケージ: circlator (1.5.5-3)

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ホームページ [sanger-pathogens.github.io]

類似のパッケージ:

ゲノムアセンブリの環状化

Circlator は、バクテリアや小さな真核生物のゲノム用のアセンブリ環状化ツールで、環状配列の正確な線形表現を生成できます。

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, 役割: プログラム, 科学: science::calculation, works-with::biological-sequence, 取り扱い対象: ファイル

その他の circlator 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: bwa (>= 0.7.12)

Burrows-Wheeler Aligner
dep: fastaq (>= 3.12.1)

FASTA and FASTQ file manipulation tools
dep: mummer

遺伝子全体の効率的な配列アライメント
dep: prodigal

Microbial (bacterial and archaeal) gene finding program
dep: python3

対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)
dep: python3-openpyxl

Python 3 module to read/write OpenXML xlsx/xlsm files
dep: python3-pymummer

Python 3 interface to MUMmer
dep: python3-pysam

interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)
dep: samtools

processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
dep: spades

genome assembler for single-cell and isolates data sets

sug: canu

一分子シークエンスゲノムアセンブラ

circlator のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	4,224.3 kB	10,301.0 kB	[ファイル一覧]