パッケージ: ssake (4.0-2)

[ ソース: ssake  ]

genomics application for assembling millions of very short DNA sequences

The Short Sequence Assembly by K-mer search and 3′ read Extension (SSAKE) is a genomics application for aggressively assembling millions of short nucleotide sequences by progressively searching for perfect 3′-most k-mers using a DNA prefix tree. SSAKE is designed to help leverage the information from short sequences reads by stringently clustering them into contigs that can be used to characterize novel sequencing targets.

タグ: 分野: 生物学, 実装言語: Perl, implemented-in::python, interface::commandline, ユーザインタフェース: コマンドシェル, 役割: role::program, scope::utility, 目的: 解析

その他の ssake 関連パッケージ

• dep: libperl4-corelibs-perl

  libraries historically supplied with Perl 4

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: python

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (Python2 バージョン)

• sug: ssake-examples

  example data for SSAKE, a genomic assembler of short reads

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