パッケージ: segemehl (0.3.4-3)

[ ソース: segemehl  ]

short read mapping with gaps

Segemehl is a software to map short sequencer reads to reference genomes. Segemehl implements a matching strategy based on enhanced suffix arrays (ESA). Segemehl accepts fasta and fastq queries (gzip'ed and bgzip'ed). In addition to the alignment of reads from standard DNA- and RNA-seq protocols, it also allows the mapping of bisulfite converted reads (Lister and Cokus) and implements a split read mapping strategy. The output of segemehl is a SAM or BAM formatted alignment file. In the case of split-read mapping, additional BED files are written to the disc. These BED files may be summarized with the postprocessing tool haarz. In the case of the alignment of bisulfite converted reads, raw methylation rates may also be called with haarz.

In brief, for each suffix of a read, segemehl aims to find the best-scoring seed. Seeds might contain insertions, deletions, and mismatches (differences). The number of differences allowed within a single seed is user-controlled and is crucial for the runtime of the program. Subsequently, seeds that undercut the user-defined E-value are passed on to an exact semi-global alignment procedure. Finally, reads with a minimum accuracy of percent are reported to the user.

タグ: インタフェースツールキット: Ncurses TUI

その他の segemehl 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.2.4)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

segemehl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	285.6 kB	1,215.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	258.9 kB	1,151.0 kB	[ファイル一覧]
armel	235.4 kB	1,089.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	233.0 kB	737.0 kB	[ファイル一覧]
i386	310.0 kB	1,425.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	263.1 kB	1,420.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	278.5 kB	1,409.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	310.6 kB	1,623.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	260.5 kB	1,322.0 kB	[ファイル一覧]