パッケージ: murasaki-common (1.68.6-12)

[ ソース: murasaki  ]

homology detection tool across multiple large genomes (common files)

Murasaki is a scalable and fast, language theory-based homology detection tool across multiple large genomes. It enable whole-genome scale multiple genome global alignments. Supports unlimited length gapped-seed patterns and unique TF-IDF based filtering.

Murasaki is an anchor alignment software, which is

 * exteremely fast (17 CPU hours for whole Human x Mouse genome (with
   40 nodes: 52 wall minutes))
 * scalable (Arbitrarily parallelizable across multiple nodes using MPI.
   Even a single node with 16GB of ram can handle over 1Gbp of sequence.)
 * unlimited pattern length
 * repeat tolerant
 * intelligent noise reduction

This package contains all files that are common to the single core murasaki package and the multi core murasaki-mpi package.

その他の murasaki-common 関連パッケージ

• dep: gnuplot

  Command-line driven interactive plotting program.
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: gnuplot-nox, gnuplot-qt, gnuplot-x11

  または gnuplot5

  パッケージは利用できません

• dep: imagemagick

  画像編集プログラム -- バイナリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: graphicsmagick-imagemagick-compat, imagemagick-6.q16

• dep: libbio-perl-perl

  BioPerl core perl modules

• dep: r-cran-rocr

  ROC 曲線の準備と表示をする GNU Rパッケージ

• rec: libterm-readkey-perl

  perl module for simple terminal control

• rec: libtext-wrapi18n-perl

  Text::Wrap の国際化された代替品

  または libtext-wrapper-perl

  simple word wrapping routine

murasaki-common のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
all	142.1 kB	433.0 kB	[ファイル一覧]