パッケージ: sim4 (0.0.20121010-8)

[ ソース: sim4  ]

cDNA とゲノム DNA の整列用ツール

sim4 は、発現 DNA 配列 (EST, cDNA, mRNA) をその遺伝子のゲノム配列に整列 (アラ イメント) するための類似度ベースのツールです。二つの入力配列が片方の端で重 なる (すなわち、一つの配列の開始位置がもう一方の終了位置に重なる) 時に終端 の一致も検知します。

sim4 は blast ベースの技術を利用し、最初に "エクソンコア" を表す基本的な マッチングブロックを決定します。第一段階では、二つの配列間で W-mers (すなわ ちサイズ W の DNA ワード) のあり得る全ての完全一致を検出し、それらを最大ス コアのギャップ無しセグメントに拡張します。第二段階では、貪欲アライメントア ルゴリズムを用いて、エクソンコアを隣接するまだ一致していない断片に拡張しま す。そして、スプライス部位認識シグナル (GT-AG, CT-AC) に合致する配置を優先 するように発見的手法が利用されます。もし必要であれば、一致しなかった断片に 対して、厳密さのより小さいパラメータを使ってそのプロセスを繰り返します。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::comparing, use::searching, サポート形式: 追加のタグが必要, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

その他の sim4 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

sim4 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	353.0 kB	1,378.0 kB	[ファイル一覧]