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パッケージ: hmmer (3.3.2+dfsg-1)

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タンパク質配列解析用のプロファイル隠れマルコフモデル

HMMER は、プロファイル隠れマルコフモデル法の実装であり、多重配列アライメン トをクエリー (問い合わせ) として用いた生物学配列データベースの感度の高い検 索を行うためのものです。

入力として多重配列アライメントを与えると、HMMER は "隠れマルコフモデル" と 呼ばれる統計モデルを構築します。このモデルをさらにクエリーとして、配列デー タベースから、配列ファミリの追加のホモログ (相同体) を検索する (またはアラ イメントする) ことができます。

タグ: 生物学: Clustal/ALN, タンパク質, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::searching, works-with-format::plaintext, 取り扱い対象: データベース

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