パッケージ: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-8 など) [non-free]

[ ソース: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 役割: プログラム, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の cufflinks 関連パッケージ

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  対話式の高レベルオブジェクト指向言語 (デフォルト python3 バージョン)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  パッケージは利用できません

cufflinks のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
armhf	2.2.1+dfsg.1-8+b1	1,114.3 kB	6,213.0 kB	[ファイル一覧]