パッケージ: libtfbs-perl (0.7.1-3 など)

[ ソース: libtfbs-perl  ]

scanning DNA sequence with a position weight matrix

The TFBS perl modules comprise a set of routines to interact with the Transfac and Jaspar databases that describe a special family of proteins, the transcription factors. These bind to genomic DNA to initiate (or prevent) the readout of a gene. Once multiple binding sites are known for a transcription factor, these are gathered in a single file and are aligned in order to find position-specific characteristica that might be used to predict such binding events in novel DNA sequences.

If you use TFBS in your work, please cite "Lenhard B., Wasserman W.W. (2002) TFBS: Computational framework for transcription factor binding site analysis. Bioinformatics 18:1135-1136".

Note: the TFBS perl module is no longer under active development. All the functionality can be found in the TFBSTools Bioconductor package; users are highly encouraged to switch. <http://bioconductor.org/packages/TFBSTools/>

タグ: ソフトウェア開発: Perl での開発, ライブラリ, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: C, implemented-in::perl, interface::commandline, 役割: 開発ライブラリ, プログラム

その他の libtfbs-perl 関連パッケージ

• dep: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

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  world-wide web へのシンプルで一貫性のあるインターフェース

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  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

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  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

• rec: libgd-gd2-perl

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl

  または libgd-gd2-noxpm-perl

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libgd-perl

libtfbs-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
armel	0.7.1-3+b2	229.5 kB	989.0 kB	[ファイル一覧]