パッケージ: r-cran-ape (5.7-1)

[ ソース: r-cran-ape  ]

GNU R package for Analyses of Phylogenetics and Evolution

This package provides functions for reading, writing, plotting, and manipulating phylogenetic trees, analyses of comparative data in a phylogenetic framework, ancestral character analyses, analyses of diversification and macroevolution, computing distances from DNA sequences, reading and writing nucleotide sequences as well as importing from BioConductor, and several tools such as Mantel's test, generalized skyline plots, graphical exploration of phylogenetic data (alex, trex, kronoviz), estimation of absolute evolutionary rates and clock-like trees using mean path lengths and penalized likelihood, dating trees with non-contemporaneous sequences, translating DNA into AA sequences, and assessing sequence alignments. Phylogeny estimation can be done with the NJ, BIONJ, ME, MVR, SDM, and triangle methods, and several methods handling incomplete distance matrices (NJ*, BIONJ*, MVR*, and the corresponding triangle method). Some functions call external applications (PhyML, Clustal, T-Coffee, Muscle) whose results are returned into R.

タグ: ソフトウェア開発: GNU R での開発, 分野: 統計学, 実装言語: GNU R

その他の r-cran-ape 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: liblapack3

  線形代数ルーチンライブラリ 3 - 共有ライブラリ版

  または liblapack.so.3

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: r-api-4.0

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2)

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• dep: r-cran-digest

  GNU R package for 'hash digest' of R data structures

• dep: r-cran-lattice

  'Trellis' グラフィック用 GNU R パッケージ

• dep: r-cran-nlme

  （非）線形混合効果モデル用 GNU R パッケージ

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.0)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• rec: r-cran-phangorn

  GNU R package for phylogenetic analysis

• sug: clustalw

  global multiple nucleotide or peptide sequence alignment

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: r-cran-expm

  GNU R Computation of the matrix exponential and related quantities

• sug: r-cran-gee

  Generalized Estimation Equation Solver

• sug: r-cran-igraph

  GNU R network analysis and visualization

• sug: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

r-cran-ape のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	2,816.0 kB	3,661.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	2,801.1 kB	3,649.0 kB	[ファイル一覧]
armel	2,795.2 kB	3,627.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	2,796.5 kB	3,551.0 kB	[ファイル一覧]
i386	2,828.4 kB	3,705.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	2,807.8 kB	3,728.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	2,805.9 kB	3,721.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	2,824.0 kB	3,777.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	2,809.5 kB	3,677.0 kB	[ファイル一覧]