パッケージ: libfreecontact-perl (0.08-9 など)

[ ソース: libfreecontact-perl  ]

fast protein contact predictor - binding for Perl

FreeContact is a protein residue contact predictor optimized for speed. Its input is a multiple sequence alignment. FreeContact can function as an accelerated drop-in for the published contact predictors EVfold-mfDCA of DS. Marks (2011) and PSICOV of D. Jones (2011).

FreeContact is accelerated by a combination of vector instructions, multiple threads, and faster implementation of key parts. Depending on the alignment, 8-fold or higher speedups are possible.

A sufficiently large alignment is required for meaningful results. As a minimum, an alignment with an effective (after-weighting) sequence count bigger than the length of the query sequence should be used. Alignments with tens of thousands of (effective) sequences are considered good input.

jackhmmer(1) from the hmmer package, or hhblits(1) from hhsuite can be used to generate the alignments, for example.

This package contains the Perl binding.

タグ: ソフトウェア開発: Perl での開発, ライブラリ, 実装言語: implemented-in::c, implemented-in::perl, 役割: 開発ライブラリ

その他の libfreecontact-perl 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libfreecontact0v5 (>= 1.0.21)

  fast protein contact predictor library

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armhf]

• dep: perl (>= 5.36.0-4)

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: perlapi-5.36.0

  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージです: perl-base

libfreecontact-perl のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	0.08-9+b2	62.6 kB	214.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.08-9+b2	60.6 kB	225.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.08-9+b2	60.1 kB	225.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.08-9+b2	63.2 kB	217.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.08-9+b2	60.0 kB	227.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	0.08-9+b2	59.9 kB	226.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.08-9+b2	62.7 kB	226.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.08-9+b2	60.9 kB	214.0 kB	[ファイル一覧]