パッケージ: tree-puzzle (5.3~rc16+dfsg-9)

[ ソース: tree-puzzle  ]

最尤法による系統樹の再構築

TREE-PUZZLE (PUZZLE の新たな名前) は対話式のコンソールプログラムで、巨大な データセットを解析して、個々の内分枝の支持の推定を自動的に割り当てる高速な ツリー検索アルゴリズム quartet puzzling を実装しています。TREE-PUZZLE はま た、ユーザが指定した系統樹に対して、その枝長だけでなく、ペアワイズ最尤距離 も計算します。枝長は分子時計の仮定の下でも計算することができます。さらに、 TREE-PUZZLE は、仮定した内分枝の支持をツリー全体を計算することなく調査し、 配列アライメントの系統学的な内容を視覚化する、尤度マッピングという新たな方 法を提供します。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::analysing, use::comparing, サポート形式: プレーンテキスト, 取り扱い対象: 追加のタグが必要

その他の tree-puzzle 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libsprng2

  SPRNG Scalable Parallel RNG library -- library package

• rec: tree-puzzle-doc

  Reconstruction of phylogenetic trees by maximum likelihood (doc)

• sug: phylip

  package of programs for inferring phylogenies

• sug: treetool

  パッケージは利用できません

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すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	178.5 kB	484.0 kB	[ファイル一覧]