パッケージ: iva (1.0.11+ds-3)

[ ソース: iva  ]

反復ウイルス配列アセンブラー

IVA は、極端に深い混合種群から得られた、Illumina リードペアから 繰り返し配列を持たないウイルスゲノムをアセンブルするために設計された、 新しいアセンブラーです。

IVA のメインアルゴリズムは、反復的にアラインされたリードペアを用いて コンティグを拡張していくことで動作します。入力はリードペアだけでも よいですし、追加で既存のコンティグを与えてそれを拡張させることもできます。 また、リードと参照配列を一緒に与えることもできます。

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::python, ユーザインタフェース: コマンドライン, 役割: role::program, works-with::biological-sequence, 取り扱い対象: ファイル

その他の iva 関連パッケージ

• dep: default-jre-headless

  Standard Java or Java compatible Runtime (headless)

• dep: fastaq

  FASTA and FASTQ file manipulation tools

• dep: kmc

  count kmers in genomic sequences

• dep: mummer

  遺伝子全体の効率的な配列アライメント

• dep: perl

  Larry Wall 作の実用的な抽出とレポート用の言語

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-networkx

  tool to create, manipulate and study complex networks (Python3)

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python 3 language

• dep: python3-packaging

  core utilities for python3 packages

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: smalt

  Sequence Mapping and Alignment Tool

• rec: bioperl

  Perl tools for computational molecular biology

• rec: r-base-core

  GNU R core of statistical computation and graphics system

• rec: trimmomatic

  flexible read trimming tool for Illumina NGS data

iva のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
i386	8,380.3 kB	8,769.0 kB	[ファイル一覧]