パッケージ: dnaclust (3-7 など)

[ ソース: dnaclust  ]

tool for clustering millions of short DNA sequences

dnaclust is a tool for clustering large number of short DNA sequences. The clusters are created in such a way that the "radius" of each clusters is no more than the specified threshold.

The input sequences to be clustered should be in Fasta format. The id of each sequence is based on the first word of the seqeunce in the Fasta format. The first word is the prefix of the header up to the first occurrence of white space characters in the header.

タグ: 生物学: Fasta/Pearson, 核酸, 分野: field::biology, field::biology:bioinformatics, 実装言語: C++, 役割: role::program, works-with::biological-sequence

その他の dnaclust 関連パッケージ

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++ 用プログラムオプションライブラリ

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [armel, armhf 以外]

  GCC 共有ライブラリ

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

dnaclust のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
amd64	3-7+b2	109.5 kB	677.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	3-7+b2	101.6 kB	657.0 kB	[ファイル一覧]
armel	3-7+b2	98.4 kB	630.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	3-7+b2	99.1 kB	574.0 kB	[ファイル一覧]
i386	3-7+b2	113.8 kB	674.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	3-7+b2	110.5 kB	748.0 kB	[ファイル一覧]
mipsel	3-7+b2	110.0 kB	723.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	3-7+b2	113.4 kB	861.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	3-7+b2	105.8 kB	689.0 kB	[ファイル一覧]