パッケージ: cufflinks (2.2.1+dfsg.1-9) [non-free]

[ ソース: cufflinks  ]

Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

Cufflinks assembles transcripts, estimates their abundances, and tests for differential expression and regulation in RNA-Seq samples. It accepts aligned RNA-Seq reads and assembles the alignments into a parsimonious set of transcripts. Cufflinks then estimates the relative abundances of these transcripts based on how many reads support each one.

This package provides the binary of cufflinks and associated tools, i.e. compress_gtf, cuffcompare, cuffdiff, cuffmerge, cuffnorm, cuffquant and gtf_to_sam.

タグ: 生物学: 核酸, 分野: 生物学, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, 役割: プログラム, 取り扱い対象: 生物学的配列

その他の cufflinks 関連パッケージ

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  serialization library for C++

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• rec: gffread

  GFF/GTF format conversions, region filtering, FASTA sequence extraction

• enh: tophat

  パッケージは利用できません

cufflinks のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
armel	1,214.0 kB	9,032.0 kB	[ファイル一覧]