パッケージ: bowtie (1.3.1-1 など)

[ ソース: bowtie  ]

Ultrafast memory-efficient short read aligner

This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.

Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c++, interface::commandline, 役割: プログラム, 科学: science::calculation, scope::utility, 目的: 解析, use::comparing, works-with::biological-sequence

その他の bowtie 関連パッケージ

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
  以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC 共有ライブラリ

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU 標準 C++ ライブラリ v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  圧縮ライブラリ - ランタイム

• sug: bowtie-examples

  Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

bowtie のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
arm64	1.3.1-1+b1	1,208.3 kB	6,293.0 kB	[ファイル一覧]