[ ソース: bamtools ]
パッケージ: bamtools (2.5.2+dfsg-4)
bamtools に関するリンク
Debian の資源:
bamtools ソースパッケージをダウンロード:
メンテナ:
- Debian Med Packaging Team (QA ページ, メールアーカイブ)
- Michael R. Crusoe (QA ページ)
- Andreas Tille (QA ページ)
- Kevin Murray (QA ページ)
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
BAM（ゲノムアラインメント）ファイルの操作用ツール
BamTools は、BAM ファイルを用いた研究解析とデータ管理を支援します。 現行のシーケンシング技術により生成された、通常圧縮されたバイナリフォーマット で格納されており、生物情報学研究に通常用いられているテキストベースの パーサーでは容易に扱うことのできない、莫大なデータを扱えます。
BamTools は BAM ファイルサポート用の C++ API と コマンドラインツールの 両方を提供します。
これは bamtools コマンドラインツールキットです。
使用可能な bamtools コマンド:
convert BAM とその他多数のフォーマットとの間の変換
count BAM ファイル内のアラインメント数を表示
coverage 入力 BAM ファイルからカバレッジ統計を表示
filter ユーザー定義の基準にしたがって BAM ファイルをフィルタリング
header BAM ヘッダ情報を表示
index BAM ファイルのインデックスを生成
merge 複数の BAM ファイルを一つにマージ
random 既存の BAM ファイルからランダムなアラインメントを選択
（テストツールなど用）
resolve ペアエンドリードを解決（必要に応じて IsProperPair フラグをセット）
revert 重複マークを削除して元のベース品質を復元
sort BAM ファイルをなんらかの基準に従ってソート
split ユーザー定義のプロパティで BAM ファイルを分割し、各値が見付かる
ごとに新しい出力 BAM ファイルを作成
stats 入力 BAM ファイルから基本的統計を表示
その他の bamtools 関連パッケージ
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- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- dynamic library for manipulating BAM (genome alignment) files
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5)
- library for reading and writing JSON for C++
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3