Package: r-bioc-rtracklayer (1.66.0-2 and others)

[ Source: r-bioc-rtracklayer  ]

interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

Infrastruttura estensibile per interagire con più navigatori di genomi (attualmente incorporato UCSC) e manipolare tracce di annotazioni in vari formati (attualmente incorporati GFF, BED, bedGraph, BED15, WIG, BigWig e 2bit). L'utente può esportare e importare tracce verso e dai navigatori gestiti, così come interrogare e modificare lo stato del navigatore, come l'attuale porzione visualizzata.

Other Packages Related to r-bioc-rtracklayer

• dep: libc6 (>= 2.15) [m68k]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.28) [sparc64]

  dep: libc6 (>= 2.34) [hppa, x32]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, riscv64, s390x]

• dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libcurl4t64 (>= 7.16.2) [not hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  libreria lato client facile da usare per il trasferimento di URL (versione OpenSSL)

• dep: libssl1.1 (>= 1.1.0) [m68k]

  Package not available

• dep: libssl3t64 (>= 3.0.0) [not hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  toolkit Secure Sockets Layer - librerie condivise

• dep: r-api-3.4 [m68k]

  Package not available

• dep: r-api-3.5 [sparc64]

  Package not available

• dep: r-api-4.0 [not m68k, sparc64]

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Package not available

• dep: r-api-bioc-3.20 [not hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-api-bioc-3.8 [sparc64]

  Package not available

• dep: r-base-core (>= 3.4.3-1) [m68k]

  nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

  dep: r-base-core (>= 3.5.2-1) [sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-1) [x32]

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.13.8) [m68k]

  funzioni generiche per Bioconductor

  dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.25.1) [sparc64]

  dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.35.3) [not m68k, sparc64]

• dep: r-bioc-biocio [not m68k, sparc64]

  standard input and output for Bioconductor packages

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.43.7) [m68k]

  oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche

  dep: r-bioc-biostrings (>= 2.47.6) [not m68k]

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.15.2) [not m68k]

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

  dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.3.14) [m68k]

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.15.6) [not m68k]

  rappresentazione e manipolazione di allineamenti genomici corti per BioConductor

  dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.5.4) [m68k]

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.21.20) [m68k]

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.31.8) [sparc64]

  dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.37.2) [not m68k, sparc64]

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.11.12) [m68k]

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

  dep: r-bioc-iranges (>= 2.13.13) [not m68k]

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.17.8) [m68k]

  allineamento binario (BAM), variant call (BCF) o importazione di file tabix per GNU R

  dep: r-bioc-rsamtools (>= 1.31.2) [not m68k]

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.13.13) [m68k]

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

  dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.19.22) [sparc64]

  dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.23.18) [not m68k, sparc64]

• dep: r-bioc-xvector (>= 0.19.7) [not m68k]

  rappresentazione e manipolazione di sequenze esterne per BioConductor

  dep: r-bioc-xvector (>= 0.9.4) [m68k]

• dep: r-bioc-zlibbioc [not m68k]

  (Virtual) zlibbioc Bioconductor package

• dep: r-cran-curl [not hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  client web moderno e flessibile per GNU R

• dep: r-cran-httr [not hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  strumenti GNU R per lavorare con URL e HTTP

• dep: r-cran-rcurl (>= 1.4-2) [hppa, ia64, m68k, sh4, sparc64, x32]

  interfaccia client generica di rete (HTTP/FTP/...) per GNU R

• dep: r-cran-restfulr (>= 0.0.13) [not m68k, sparc64]

  interfaccia GNU R a servizi web RESTful

• dep: r-cran-xml (>= 1.98-0)

  pacchetto GNU R per l'analisi e la generazione di XML

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  libreria di compressione - runtime

• sug: r-bioc-bsgenome (>= 1.33.4)

  infrastruttura BioConductor per pacchetti di dati genomici basati su Biostrings

• sug: r-bioc-genefilter

  metodi per filtrare geni da esperimenti con microarray

• sug: r-bioc-genomicfeatures

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• sug: r-bioc-limma

  modelli lineari per dati di microarray

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db [not m68k, sparc64]

  annotazioni a livello di tutto genoma per l'Uomo

• sug: r-cran-runit

  pacchetto GNU R che fornisce un'infrastruttura per test di unità

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Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.66.0-2	5,088.7 kB	6,771.0 kB	[list of files]
amd64	1.66.0-2	5,090.8 kB	6,666.0 kB	[list of files]
arm64	1.66.0-2	5,080.4 kB	6,706.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.62.0-1	4,970.1 kB	6,722.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.62.0-1	5,004.6 kB	7,092.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.38.0-1	1,824.3 kB	2,765.0 kB	[list of files]
mips64el	1.66.0-2	5,077.5 kB	6,736.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.66.0-2	5,104.6 kB	6,909.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.66.0-2	5,103.0 kB	6,834.0 kB	[list of files]
riscv64	1.66.0-2	5,088.9 kB	6,618.0 kB	[list of files]
s390x	1.66.0-2	5,089.5 kB	6,698.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.62.0-1	4,982.8 kB	6,647.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.42.1-2	2,356.6 kB	3,783.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.58.0-1	4,983.9 kB	6,659.0 kB	[list of files]