Package: r-bioc-txdbmaker (1.0.1+ds-1)

[ Source: r-bioc-txdbmaker  ]

Tools for making TxDb objects from genomic annotations

A set of tools for making TxDb objects from genomic annotations from various sources (e.g. UCSC, Ensembl, and GFF files). These tools allow the user to download the genomic locations of transcripts, exons, and CDS, for a given assembly, and to import them in a TxDb object. TxDb objects are implemented in the GenomicFeatures package, together with flexible methods for extracting the desired features in convenient formats.

Other Packages Related to r-bioc-txdbmaker

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  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database Interface per BioConductor

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

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• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  funzioni generiche per Bioconductor

• dep: r-bioc-biocio (>= 1.14.0)

  standard input and output for Bioconductor packages

• dep: r-bioc-biomart (>= 2.60.1)

  interfaccia GNU R ai database BioMart (Ensembl, COSMIC, Wormbase e Gramene)

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  interfaccia GNU R per navigatori di genomi e loro tracce di annotazione

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-bioc-ucsc.utils (>> 1.0.0+ds-1)

  Low-level utilities to retrieve data from the UCSC Genome

• dep: r-cran-dbi

  pacchetto GNU R che fornisce un'interfaccia generica per database

• dep: r-cran-httr

  strumenti GNU R per lavorare con URL e HTTP

• dep: r-cran-rjson

  pacchetto GNU R per convertire tra oggetti R e JSON

• dep: r-cran-rsqlite (>= 2.0)

  driver R per interfaccia a database per SQLite

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

  utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmariadb

  Database Interface and 'MariaDB' Driver

• sug: r-cran-runit

  pacchetto GNU R che fornisce un'infrastruttura per test di unità

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