Package: prank (0.0.170427+dfsg-3) [debports]
Links for prank
Debian Resources:
Download Source Package :
Not foundMaintainers:
External Resources:
- Homepage [wasabiapp.org]
Similar packages:
kit per allineamenti probabilistici di sequenze di DNA, codoni e amminoacidi
PRANK è un programma per allineamenti multipli probabilistici per sequenze di DNA, codoni e amminoacidi. È basato su un algoritmo innovativo che tratta le inserzioni correttamente e evita di sovrastimare il numero degli eventi di delezione. In aggiunta PRANK prende a prestito idee dai metodi di massima verosimiglianza usati in filogenetica e prende in considerazione correttamente le distanze evolutive tra le sequenze. Da ultimo, PRANK permette di definire una struttura potenziale per le sequenze da allineare e poi, contemporaneamente all'allineamento, predice le posizioni delle unità strutturali nelle sequenze.
PRANK è un programma a riga di comando per ambienti in stile UNIX, ma lo stesso motore di allineamento delle sequenze è implementato nel programma grafico PRANKSTER. In aggiunta a fornire un'interfaccia facile da usare per coloro che non hanno familiarità con i sistemi Unix, PRANKSTER è un navigatore di allineamenti per gli allineamenti salvati in formato HSAML. Il nuovo formato permette di memorizzare tutte le informazioni generate dallo strumento di allineamento e il navigatore di allineamenti è un modo comodo per analizzare e manipolare i dati.
PRANK mira ad un allineamento di sequenze corretto dal punto di vista evolutivo e spesso il risultato è diverso da quelli generati con altri metodi di allineamento. Ci sono, tuttavia, casi in cui l'aspetto diverso è causato da violazioni degli assunti del metodo. Per capire perché le cose possono andare storto e come evitarlo, leggere la spiegazione delle differenze tra PRANK e i metodi tradizionali di allineamento progressivo.
Other Packages Related to prank
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29)
- Libreria C GNU: librerie condivise
also a virtual package provided by libc6-udeb
-
- dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1)
- libreria di supporto a GCC
-
- dep: libstdc++6 (>= 9)
- libreria GNU Standard C++, versione 3
-
- enh: t-coffee
- allineamento di sequenze multiple
Download prank
Architecture | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|
hppa (unofficial port) | 372.5 kB | 1,200.0 kB | [list of files] |