Package: r-bioc-tximeta (1.16.1+dfsg-1)

[ Source: r-bioc-tximeta  ]

Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

Transcript quantification import from Salmon and alevin with automatic attachment of transcript ranges and release information, and other associated metadata. De novo transcriptomes can be linked to the appropriate sources with linkedTxomes and shared for computational reproducibility.

Other Packages Related to r-bioc-tximeta

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16

  virtual package provided by r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2)

  nocciolo del sistema per calcoli e grafici statistici GNU R

• dep: r-bioc-annotationdbi

  GNU R Annotation Database Interface per BioConductor

• dep: r-bioc-annotationhub

  client GNU R per accedere a risorse AnnotationHug

• dep: r-bioc-biocfilecache

  GNU R management of files across sessions

• dep: r-bioc-biostrings

  oggetti stringa di GNU R che rappresentano sequenze biologiche

• dep: r-bioc-ensembldb

  utilità per GNU R per creare e usare un database di annotazioni basato su Ensembl

• dep: r-bioc-genomeinfodb

  utilità BioConductor per manipolare identificatori di cromosomi

• dep: r-bioc-genomicfeatures

  strumenti per GNU R per fare annotazioni centrate su trascritti e manipolarle

• dep: r-bioc-genomicranges

  rappresentazione e manipolazione di intervalli genomici di BioConductor

• dep: r-bioc-iranges

  contenitori a basso livello per memorizzare insiemi di intervalli di interi per GNU R

• dep: r-bioc-s4vectors

  implementazione di vettori e liste per BioConductor S4

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-tximport

  transcript-level estimates for biological sequencing

• dep: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-matrix

  pacchetto GNU R di classi per matrici dense e sparse

• dep: r-cran-tibble

  semplici data frame per GNU R

• sug: r-bioc-deseq2

  pacchetto R per analisi RNA-Seq di espressione differenziale

• sug: r-bioc-edger

  analisi empiriche per dati digitali di espressione genica in R

• sug: r-bioc-fishpond

  Differential transcript and gene expression with inferential replicates

• sug: r-bioc-limma

  modelli lineari per dati di microarray

• sug: r-bioc-tximportdata

  GNU R various transcript abundance quantifiers

• sug: r-cran-devtools

  strumenti per rendere più facile lo sviluppo di pacchetti R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  suite di test di GNU R

Download r-bioc-tximeta

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
all	139.1 kB	308.0 kB	[list of files]