Paquet : transdecoder (5.7.1-2)

[ Paquet source : transdecoder  ]

recherche de séquences codantes dans des séquences de transcriptions d’ARN

TransDecoder identifie les séquences codantes candidates dans des séquences de transcription, telles que celles générées par des assemblages de novo de transcriptions de séquences d’ARN en utilisant Trinity ou construits basés sur des alignements de séquences d’ARN du génome en utilisant Tophat et Cufflinks.

TransDecoder identifie des séquences codantes probables en se basant sur les critères suivants :

 – un cadre de lecture ouvert de longueur minimale (ORF) est trouvé dans
   la séquence de transcription ;
 – un score de log-vraisemblance, similaire à ce qui est calculé par le
   logiciel GeneID est supérieur à zéro ;
 – le score ci-dessus est supérieur quand l’ORF est un résultat dans le
   premier cadre comparé aux scores dans les cinq autres cadres ;
 – si un ORF candidat est trouvé complètement enveloppé par les
   coordonnées d’un autre ORF candidat, le plus long est rapporté.
   Cependant, une transcription unique peut rapporter plusieurs ORF
   (autorisant les opérons, les chimères, etc) ;
 – optionnellement, le peptide putatif a une correspondance pour un
   domaine Pfam au-dessus du score de bruit limite.

Autres paquets associés à transdecoder

• dep: liburi-perl

  module pour manipuler et accéder à des chaînes URI

• dep: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• rec: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: r-bioc-seqlogo

  GNU R sequence logos for DNA sequence alignments

• rec: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• sug: transdecoder-doc

  find coding regions within transcripts

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	200,5 ko	666,0 ko	[liste des fichiers]