Paquet : metaphlan (4.0.4-1)

[ Paquet source : metaphlan  ]

Metagenomic Phylogenetic Analysis

MetaPhlAn is a computational tool for profiling the composition of microbial communities (Bacteria, Archaea and Eukaryotes) from metagenomic shotgun sequencing data (i.e. not 16S) with species-level. With the newly added StrainPhlAn module, it is now possible to perform accurate strain-level microbial profiling.

MetaPhlAn relies on ~1.1M unique clade-specific marker genes (the latest marker information file mpa_v31_CHOCOPhlAn_201901_marker_info.txt.bz2 can be found here) identified from ~100,000 reference genomes (~99,500 bacterial and archaeal and ~500 eukaryotic), allowing:

 * unambiguous taxonomic assignments;
 * accurate estimation of organismal relative abundance;
 * species-level resolution for bacteria, archaea, eukaryotes and
   viruses;
 * strain identification and tracking
 * orders of magnitude speedups compared to existing methods.
 * metagenomic strain-level population genomics

Autres paquets associés à metaphlan

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: metaphlan2-data

  paquet de données pour l’analyse phylogénétique métagénomique

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biom-format

  format de matrice d'observation biologique (BIOM) – Python 3

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-msgpack

  Python 3 implementation of MessagePack format

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-requests

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• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

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