Paquet : r-bioc-scran (1.32.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-scran  ]

méthodes de BioConductor pour l’analyse de données de séquençage d’ARN de cellule unique

Implements functions for low-level analyses of single-cell RNA-seq data. Methods are provided for normalization of cell-specific biases, assignment of cell cycle phase, detection of highly variable and significantly correlated genes, identification of marker genes, and other common tasks in routine single-cell analysis workflows.

Autres paquets associés à r-bioc-scran

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-beachmat (>= 2.20.0)

  E/S pour plusieurs formats de stockage de données de matrice

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel (>= 1.38.0)

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biocsingular (>= 1.20.0)

  décomposition en valeurs singulières pour les paquets de Bioconductor

• dep: r-bioc-bluster (>= 1.14.0)

  Clustering Algorithms for Bioconductor

• dep: r-bioc-delayedarray (>= 0.30.1)

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• dep: r-bioc-delayedmatrixstats (>= 1.26.0)

  fonctions pour les lignes et les colonnes des objets « DelayedMatrix »

• dep: r-bioc-edger (>= 4.2.0)

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• dep: r-bioc-limma (>= 3.60.3)

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• dep: r-bioc-metapod (>= 1.12.0)

  méta-analyse avec GNU R de valeurs-p d’analyses différentielles

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-scuttle (>= 1.14.0)

  BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities

• dep: r-bioc-singlecellexperiment (>= 1.26.0)

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-bh

  paquet (virtuel) de GNU R pour fournir BH

• dep: r-cran-dqrng

  GNU R fast pseudo random number generators

• dep: r-cran-igraph

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-statmod

  GNU R package providing algorithms and functions for statistical modeling

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-hdf5array

  Paquet indisponible

• sug: r-bioc-residualmatrix

  Creating a DelayedMatrix of Regression Residuals

• sug: r-bioc-scaledmatrix

  creating a DelayedMatrix of scaled and centered values using GNU R

• sug: r-bioc-scater

  Paquet indisponible

• sug: r-bioc-scrnaseq

  Paquet indisponible

• sug: r-cran-dynamictreecut

  méthodes pour la détection de regroupements pour le regroupement hiérarchique

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Télécharger r-bioc-scran

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	989,5 ko	1 493,0 ko	[liste des fichiers]