Paquet : r-bioc-annotationhub (3.12.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-annotationhub  ]

client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

Ce paquet fournit un client pour les ressources web d'AnnotationHub pour BioConductor. Les ressources web d'AnnotationHub fournissent un lieu centralisé où des fichiers génomiques (par exemple, VCF, bed, wig) et d'autres ressources d'emplacements standards (UCSC, Ensembl) peuvent être découvertes. Les ressources incluent des métadonnées sur chaque ressource, par exemple, une description textuelle, des étiquettes et les dates de modification. Le client crée et gère un cache local des fichiers récupérés par l’utilisateur, ce qui aide à un accès rapide et reproductible.

Autres paquets associés à r-bioc-annotationhub

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-bioc-biocfilecache (>= 2.12.0)

  gestion par GNU R de fichiers entre les sessions

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocversion (>= 3.19.1)

  set the appropriate version of Bioconductor packages

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-cran-biocmanager

  accès au dépôt de paquets du projet Bioconductor

• dep: r-cran-curl

  GNU R modern and flexible web client for R

• dep: r-cran-dplyr

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• dep: r-cran-rappdirs

  répertoires des applications de GNU R

• dep: r-cran-rsqlite

  Database Interface R driver for SQLite

• dep: r-cran-yaml

  Methods to convert R data to YAML and back

• sug: r-bioc-biocstyle (>= 2.32.1)

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• sug: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

  GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

• sug: r-bioc-experimenthub (>= 2.12.0)

  client BioConductor pour accéder aux ressources d’ExperimentHub

• sug: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• sug: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• sug: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• sug: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• sug: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• sug: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor assay container

• sug: r-bioc-variantannotation (>= 1.50.0)

  BioConductor annotation of genetic variants

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-runit

  paquet de GNU R fournissant un cadriciel de tests unitaires

Télécharger r-bioc-annotationhub

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	434,7 ko	723,0 ko	[liste des fichiers]