Paquet : fasta3 (36.3.8i.14-Nov-2020-3)

[ Paquet source : fasta3  ]

tools for searching collections of biological sequences

The FASTA programs find regions of local or global similarity between Protein or DNA sequences, either by searching Protein or DNA databases, or by identifying local duplications within a sequence. Other programs provide information on the statistical significance of an alignment. Like BLAST, FASTA can be used to infer functional and evolutionary relationships between sequences as well as help identify members of gene families.

 * Protein
   - Protein-protein FASTA
   - Protein-protein Smith-Waterman (ssearch)
   - Global Protein-protein (Needleman-Wunsch) (ggsearch)
   - Global/Local protein-protein (glsearch)
   - Protein-protein with unordered peptides (fasts)
   - Protein-protein with mixed peptide sequences (fastf)

 * Nucleotide
   - Nucleotide-Nucleotide (DNA/RNA fasta)
   - Ordered Nucleotides vs Nucleotide (fastm)
   - Un-ordered Nucleotides vs Nucleotide (fasts)

 * Translated
   - Translated DNA (with frameshifts, e.g. ESTs)
     vs Proteins (fastx/fasty)
   - Protein vs Translated DNA (with frameshifts)
     (tfastx/tfasty)
   - Peptides vs Translated DNA (tfasts)

 * Statistical Significance
   - Protein vs Protein shuffle (prss)
   - DNA vs DNA shuffle (prss)
   - Translated DNA vs Protein shuffle (prfx)

 * Local Duplications
   - Local Protein alignments (lalign)
   - Plot Protein alignment "dot-plot" (plalign)
   - Local DNA alignments (lalign)
   - Plot DNA alignment "dot-plot" (plalign)

This software is often used via a web service at the EBI with readily indexed reference databases at http://www.ebi.ac.uk/Tools/fasta/.

Autres paquets associés à fasta3

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• rec: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• sug: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• sug: libdbd-mysql-perl

  interface Perl5 pour les bases de données MariaDB ou MySQL

• sug: libdbi-perl

  interface base de données en Perl (DBI)

• sug: libhtml-tableextract-perl

  module for extracting the content contained in HTML tables

• sug: libjson-perl

  module for manipulating JSON-formatted data

• sug: liburi-encode-perl

  Perl module to encode and decode strings to URIs

• sug: libwww-perl

  interface simple et cohérente au world-wide web

• sug: libxml-twig-perl

  Perl module for processing huge XML documents in tree mode

• sug: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• sug: perl

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• sug: python3-mysql.connector

  Paquet indisponible

• sug: python3-mysqldb

  interface de Python pour MySQL

• sug: python3-requests

  bibliothèque HTTP simple et élégante pour Python3, construite pour les êtres humains

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
ppc64el	928,6 ko	8 238,0 ko	[liste des fichiers]