Paquet : pigx-rnaseq (0.1.1-1)

[ Paquet source : pigx-rnaseq  ]

pipeline pour des analyses de séquençage d’ARN distribuées et avec des points de contrôle

Ce paquet fournit un déroulement automatique pour l’analyse automatisée d’expérimentations de séquençage d’ARN. Une série d’outils bien adaptés sont connectés dans des scripts de Python et contrôlés à travers snakemake. Ce paquet gère l’exécution parallèle de flux de travaux et fournit des points de contrôle de telle façon que les flux interrompus puissent continuer à être exécutés.

Autres paquets associés à pigx-rnaseq

• dep: fastp

  Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor

• dep: fastqc

  contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

• dep: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

  ou rna-star

  aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

• dep: libjs-jquery-datatables

  jQuery plug-in that makes nice tables from different data sources

• dep: libjs-jquery-tablesorter

  jQuery flexible client-side table sorting plugin

• dep: megadepth

  computes coverage from BigWig and BAM sequencing files

• dep: multiqc

  output integration for RNA sequencing across tools and samples

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-deeptools

  platform for exploring biological deep-sequencing data

• dep: python3-htseq

  Python3 high-throughput genome sequencing read analysis utilities

• dep: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• dep: r-bioc-rtracklayer

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-tximport

  estimations au niveau transcription de séquences biologiques

• dep: r-cran-corrplot

  visualisation d’une matrice de corrélation

• dep: r-cran-crosstalk

  GNU R inter-widget interactivity for HTML widgets

• dep: r-cran-data.table

  GNU R extension of Data.frame

• dep: r-cran-dt

  GNU R wrapper of the JavaScript library 'DataTables'

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-ggpubr

  GNU R ggplot2 based publication ready plots

• dep: r-cran-ggrepel

  auto-position non-overlapping text labels in plots

• dep: r-cran-gprofiler2

  Interface to the 'g:Profiler' Toolset

• dep: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• dep: r-cran-plotly

  create interactive web graphics via 'plotly.js' in GNU R

• dep: r-cran-reshape2

  Flexibly reshape data: a reboot of the reshape package

• dep: r-cran-rjson

  GNU R package for converting between R and JSON objects

• dep: r-cran-rlang

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• dep: r-cran-scales

  Scale functions for visualization

• dep: salmon

  wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: snakemake

  pythonic workflow management system

• dep: trim-galore

  automate quality and adapter trimming for DNA sequencing

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: rna-star

  aligneur universel et ultra-rapide de RNA-seq

Télécharger pigx-rnaseq

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	60,3 ko	176,0 ko	[liste des fichiers]