Paquet : tiddit (3.6.1+dfsg-1 et autres)

[ Paquet source : tiddit  ]

structural variant calling

TIDDIT is a tool to used to identify chromosomal rearrangements using Mate Pair or Paired End sequencing data. TIDDIT identifies intra and inter- chromosomal translocations, deletions, tandem-duplications and inversions, using supplementary alignments as well as discordant pairs.

TIDDIT has two analysis modules. The sv mode, which is used to search for structural variants. And the cov mode that analyse the read depth of a bam file and generates a coverage report.

Autres paquets associés à tiddit

• dep: libc6 (>= 2.4)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (<< 3.14)

  dep: python3 (>= 3.12~)

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
mips64el	3.6.1+dfsg-1+b3	329,4 ko	2 711,0 ko	[liste des fichiers]