Paquet : snpsift (5.2.e+dfsg-1)

[ Paquet source : snpsift  ]

outil d’annotation et de manipulation de variations génomiques – outil

SnpSift est une boîte à outils qui permet de filtrer et de manipuler des fichiers annotés. Une fois que les variations génomiques ont été annotées, il est nécessaire de les filtrer pour trouver les « variations intéressantes ou pertinentes ». Étant donné l’importance des fichiers de données, cela n’est pas une tache triviale (par exemple, il n’est pas possible de charger toutes les variations dans une feuille de calcul XLS). SnpSift facilite cette manipulation de fichier VCF (Variant Call Format) et le filtrage nécessaire à cette étape dans les pipelines de traitement de données.

Ce paquet fournit l'outil en ligne de commande.

Autres paquets associés à snpsift

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: libsnpsift-java (= 5.2.e+dfsg-1)

  tool to annotate and manipulate genome variants - lib

• sug: snpeff

  genetic variant annotation and effect prediction toolbox - tool

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	4,6 ko	15,0 ko	[liste des fichiers]