Paquet : resfinder-db (0.0+git20220524.fa32d9a-1)

[ Paquet source : resfinder-db  ]

base de données de Resfinder composée d’une base soigneusement choisie de gènes de résistance acquis

ResFinder identifie les gènes acquis de résistance microbienne dans des isolats séquencés, partiels ou totaux, de bactérie.

ResFinder utilise BLAST pour cela dans les données du génome entier. Comme entrée, la méthode peut utiliser des génomes partiels, complets ou pré-assemblés, et des lectures courtes de séquence de quatre plateformes de séquençage différentes. La méthode a été évaluée sur 1862 fichiers de GenBank contenant 1411 gènes différents de résistance, ainsi que sur 23 isolats séquencés de novo.

Ce paquet fournit la base de données nécessaire à resfinder.

Autres paquets associés à resfinder-db

• rec: resfinder

  identify acquired antimicrobial resistance genes

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	8 866,2 ko	92 738,0 ko	[liste des fichiers]