Paquet : r-bioc-purecn (2.10.0+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-purecn  ]

copy number calling and SNV classification using targeted short read sequencing

This package estimates tumor purity, copy number, and loss of heterozygosity (LOH), and classifies single nucleotide variants (SNVs) by somatic status and clonality. PureCN is designed for targeted short read sequencing data, integrates well with standard somatic variant detection and copy number pipelines, and has support for tumor samples without matching normal samples.

Autres paquets associés à r-bioc-purecn

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-biobase (>= 2.64.0)

  fonctions de base pour Bioconductor

• dep: r-bioc-biocgenerics (>= 0.50.0)

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-dnacopy (>= 1.78.0)

  paquet de R : analyse des données de nombre de copies d'ADN

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.2.1)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-rhdf5 (>= 2.48.0)

  BioConductor HDF5 interface to R

• dep: r-bioc-rsamtools (>= 2.20.0)

  importation de fichiers BAM, BCF et tabix pour GNU R

• dep: r-bioc-rtracklayer (>= 1.64.0)

  GNU R interface to genome browsers and their annotation tracks

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-variantannotation (>= 1.50.0)

  BioConductor annotation of genetic variants

• dep: r-cran-data.table

  GNU R extension of Data.frame

• dep: r-cran-futile.logger

  logging utility for GNU R

• dep: r-cran-ggplot2

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-gridextra

  GNU R package with extensions for the grid package

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-mclust

  modèle de mélange gaussien pour le regroupement de modèles

• dep: r-cran-rcolorbrewer

  paquet de GNU R fournissant des palettes de couleurs adaptées

• dep: r-cran-vgam

  paquet de GNU R pour l’estimation de modèle additif généralisé vectoriel

• sug: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-org.hs.eg.db

  genome-wide annotation for Human

• sug: r-cran-covr

  test coverage for GNU R packages

• sug: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-markdown

  GNU R package providing R bindings to the Sundown Markdown rendering library

• sug: r-cran-optparse

  analyseur syntaxique d’options de ligne de commande de GNU R

• sug: r-cran-pscbs

  R package: Analysis of Parent-Specific DNA Copy Numbers

• sug: r-cran-r.utils

  GNU R various programming utilities

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Télécharger r-bioc-purecn

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	5 883,4 ko	6 925,0 ko	[liste des fichiers]