Paquet : mcaller (1.0.3+git20210624.b415090-3)

[ Paquet source : mcaller  ]

recherche de méthylation dans les lectures de nanopore

   H
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 H-C-aller
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   H

Ce programme est conçu pour appeler m6A à partir de données de nanopores en utilisant les différences entre les courants attendus et ceux mesurés.

Autres paquets associés à mcaller

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-h5py

  interface généraliste de Python pour hdf5

• dep: python3-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pandas

  structures de données pour des données « relationnelles » ou « étiquetées »

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: python3-seaborn

  bibliothèque de visualisation de statistiques pour Python 3

• dep: python3-sklearn

  Python modules for machine learning and data mining - Python 3

• rec: nanopolish

  identification de consensus pour les données de séquençage par nanopore

  ou poretools

  toolkit for nanopore nucleotide sequencing data

• sug: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• sug: graphmap

  Paquet indisponible

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	18,5 ko	83,0 ko	[liste des fichiers]