Paquet : augustus (3.5.0+dfsg-4 et autres)
Liens pour augustus
Ressources Debian :
- Rapports de bogues
- Developer Information
- Journal des modifications Debian
- Fichier de licence
- Suivis des correctifs pour Debian
Télécharger le paquet source augustus :
Responsables :
Ressources externes :
- Page d'accueil [bioinf.uni-greifswald.de]
Paquets similaires :
prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes
AUGUSTUS est un logiciel de prédiction de gènes dans les séquences génomiques eucaryotes basé sur un modèle de Markov caché généralisé (HMM), un modèle probabiliste de séquence et sa structure de gène. Après l'apprentissage de structures de gènes à partir d'une annotation de référence, AUGUSTUS utilise le HMM pour reconnaître les gènes dans une nouvelle séquence et l'annote avec les régions des gènes identifiés. Des indices externes, par exemple depuis des séquences d'ARN, des EST ou des alignements de protéines, etc., peuvent être utilisés pour guider et améliorer le processus de découverte de gène. Le résultat est l'ensemble des structures de gènes les plus probables qui respectent toutes les contraintes utilisateurs, si de telles structures de gènes existent. AUGUSTUS comprend déjà des HMM préconstruits pour de nombreuses espèces, ainsi que des scripts d'entraînement de modèles personnalisés grâce à des génomes annotés.
Autres paquets associés à augustus
|
|
|
|
-
- dep: augustus-data
- fichiers de données pour AUGUSTUS
-
- dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)
- bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)
-
- dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)
- bibliothèque Boost.Iostreams
-
- dep: libc6 (>= 2.38)
- bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb
-
- dep: libcolamd3 (>= 1:7.0.1)
- column approximate minimum degree ordering library for sparse matrices
-
- dep: libgcc-s1 (>= 7)
- bibliothèque de prise en charge de GCC
-
- dep: libgsl28 (>= 2.8+dfsg)
- GNU Scientific Library (GSL) -- library package
-
- dep: libhts3t64 (>= 1.17)
- C library for high-throughput sequencing data formats
-
- dep: libmariadb3 (>= 3.0.0)
- bibliothèque du client de base de données MariaDB
-
- dep: libmysql++3t64
- MySQL C++ library bindings (runtime)
-
- dep: libsqlite3-0 (>= 3.5.9)
- Bibliothèque partagée SQLite 3
-
- dep: libstdc++6 (>= 14)
- bibliothèque standard C++ de GNU v3
-
- rec: samtools
- traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM
-
- sug: cdbfasta
- indexation avec Constant DataBase et outils de recherche pour les fichiers multi-FASTA
-
- sug: diamond-aligner
- aligneur de séquence locale accéléré compatible avec BLAST
-
- sug: libdbd-mysql-perl
- interface Perl5 pour les bases de données MariaDB ou MySQL
-
- sug: libfile-which-perl
- Perl module for searching paths for executable programs
-
- sug: libparallel-forkmanager-perl
- simple parallel processing fork manager for Perl
-
- sug: libyaml-perl
- YAML Ain't Markup Language
-
- sug: python3-biopython
- bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique
Télécharger augustus
Architecture | Version | Taille du paquet | Espace occupé une fois installé | Fichiers |
---|---|---|---|---|
i386 | 3.5.0+dfsg-4+b5 | 2 191,2 ko | 12 357,0 ko | [liste des fichiers] |