Paquet : berkeley-express (1.5.3+dfsg-3 et autres)

[ Paquet source : berkeley-express  ]

quantification de streaming pour le séquençage à taux élevé

eXpress est un outil de streaming pour quantifier les abondances d'un ensemble de séquences cibles depuis des sous séquences échantillonnées. Des applications peuvent être la quantification de séquences d'ARN au niveau de la transcription, l'analyse d'expressions spécifiques à des allèles ou d'haplotypes, la quantification de lien de facteur de transcription dans le séquençage ChIP et l'analyse de données métagénomiques. Il est basé sur un algorithme EM en ligne dont les besoins en mémoire sont proportionnels à la taille totale des séquences cibles et les besoins en temps qui sont proportionnels au nombre de fragments échantillonnés. Ainsi, dans les applications comme le séquençage d'ARN, eXpress peut quantifier avec précision des échantillons bien plus grands que les autres outils actuellement disponibles, ce qui réduit grandement les besoins en infrastructure de calcul. eXpress peut être utilisé pour construire des infrastructures légères à haut débit de traitement de séquençage quand il est couplé à un aligneur de streaming comme Bowtie. En effet, la sortie peut être transférée directement dans eXpress, ce qui permet de ne pas avoir à stocker en mémoire ou sur le disque les alignements lus.

Une analyse des performances d'eXpress sur des données de séquençage d'ARN a montré que son efficacité ne se fait pas aux dépens de la précision. eXpress est plus précis que d'autres outils disponibles même avec des jeux de données de petite taille qui ne nécessitent pas une telle efficacité. De plus, comme le programme Cufflinks, eXpress peut servir à estimer les abondances de transcription de gènes multi-isoformes. eXpress est également capable de résoudre des cartographies multiples de lectures entre familles de gènes et ne nécessite pas de génome de référence, ce qui le rend utilisable avec des assembleurs de novo (depuis le début) comme Trinity, Oases ou Trans-ABySS. Le modèle sous-jacent est basé sur des modèles probabilistes décrits précédemment et développés pour le séquençage ARN, mais est également applicable dans d'autres situations où les séquences cibles sont échantillonnées. Il inclut des paramètres sur les distributions de longueurs de fragment, les erreurs de lecture et les erreurs systématiques de fragments spécifiques à la séquence.

eXpress peut servir à résoudre des cartographies ambigües dans d'autres applications basées sur le séquençage à haut débit. Les seules entrées nécessaires sont l'ensemble des séquences cibles et un ensemble de fragments de séquences multi-alignements avec elles. Bien que ces séquences cibles soient souvent des gènes isoformes, il n’est pas nécessaire qu'elles le soient. Les haplotypes peuvent être utilisés comme des références pour l'analyse d'expressions spécifiques aux allèles, liant des régions pour le séquençage ChIP, ou des génomes cibles dans les expériences métagénomiques. eXpress est utile pour toutes les analyses dans lesquelles se trouvent des lectures multi-map de séquences qui diffèrent en abondance.

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Interface utilisateur: Ligne de commande, Rôle: role::program, works-with::biological-sequence

Autres paquets associés à berkeley-express

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  multitâche portable pour C++

• dep: libc6 (>= 2.34) [non arm64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, ppc64el, s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el, riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 7) [i386]

• dep: libprotobuf32t64 (>= 3.21.12)

  protocol buffers C++ library

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non arm64]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• rec: med-config

  paquet de configuration générale de Debian Med

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1.5.3+dfsg-3+b3	227,1 ko	759,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.5.3+dfsg-3+b4	213,2 ko	795,0 ko	[liste des fichiers]
armel	1.5.3+dfsg-3+b3	195,7 ko	690,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	1.5.3+dfsg-3+b3	190,6 ko	530,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1.5.3+dfsg-3+b3	231,5 ko	750,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.5.3+dfsg-3+b3	220,3 ko	1 071,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.5.3+dfsg-3+b3	218,4 ko	859,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.5.3+dfsg-3+b2	236,5 ko	671,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.5.3+dfsg-3+b3	225,3 ko	791,0 ko	[liste des fichiers]