Paquet : libbio-samtools-perl (1.43-5 et autres)

[ Paquet source : libbio-samtools-perl  ]

interface Perl à la bibliothèque SamTools pour le séquençage ADN

Bio::SamTools fournit une interface Perl à la bibliothèque libbam pour les bases de données indexées ou non indexées d'alignement de séquence SAM/BAM. Il fournit la prise en charge de la recherche d'informations sur des alignements individuels, de paires de lectures («⋅reads⋅»), et d'information de chevauchement d'alignements sur de grandes régions. Il fournit aussi une fonctionnalité de rappel pour appeler des SNP et exécuter des fonctions base par base. La plupart des opérations sont compatibles avec l'interface Bio::SeqFeatureI de BioPerl, permettant aux fichiers BAM d'être utilisés comme dorsal à l'application de navigation génomique GBrowse.

Étiquettes: Développement de logiciel: Programmation Perl, Bibliothèques, Mis en œuvre en: implemented-in::c, implemented-in::perl, Rôle: Bibliothèque de programmation, Bibliothèque partagée

Autres paquets associés à libbio-samtools-perl

• dep: libbio-perl-perl

  modules Perl principaux de BioPerl

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: perl (>= 5.40.0-6)

  langage de rapports et d'extractions pratiques de Larry Wall

• dep: perlapi-5.40.0

  paquet virtuel fourni par perl-base

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• enh: gbrowse

  navigateur de génome générique GMOD

• enh: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armhf	1.43-5+b1	161,3 ko	449,0 ko	[liste des fichiers]