Paquet : toppic (1.5.3+dfsg1-1 et autres)

[ Paquet source : toppic  ]

caractérisation et identification des protéoformes (approche descendante) – programmes

La suite TopPIC consiste en quatre logiciels pour une interprétation de données de spectrométrie de masse avec approche descendante : TopFD, TopPIC, TopMG et TopDiff.

 — TopFD (Top-down mass spectral Feature Detection) est un outil pour la
   déconvolution spectrale (approche descendante) et un successeur de MS-
   Deconv. Il groupe les pics spectraux dans des enveloppes d’isotopomère
   et convertit celles-ci en masses mono-isotopiques neutres. De plus, il
   extrait les caractéristiques de formes de protéine de LC-MS ou CE-MS.

 — TopPIC (Top-down mass spectrometry based Proteoform Identification
   and Characterization) identifie et caractérise les protéoformes au
   niveau protéoforme avec une recherche par spectrométrie de masse en
   tandem dans une base de données de séquences de protéines. TopPIC est
   un successeur de MS-Align+. Il identifie efficacement les protéoformes
   avec altérations inattendues, telles que les mutations et les
   modifications post-traductionnelles (PTM), estime précisément la valeur
   statistiquement significative des identifications et caractérise les
   protéoformes signalées comme ayant des variations de masse inconnues.
   Il utilise plusieurs techniques, tels que les indices, l’alignement
   spectral, des méthodes de série génératrice et MIScore pour accroître
   la vitesse, la sensibilité et la précision.

– TopMG (Top-down mass spectrometry based proteoform identification

   using Mass Graphs) est un outil logiciel pour identifier les
   protéoformes ultra modifiées avec une recherche par spectrométrie de
   masse en  tandem dans une base de données de séquences de protéines. Il
   peut identifier des protéoformes avec plusieurs PTM différentes et des
   altérations inattendues, telles que les protéoformes d’histones ou
   avec phosphorylation. Il utilise des graphes de masse qui représente
   efficacement les protéoformes candidates avec plusieurs PTM différentes
   pour augmenter la vitesse et la sensibilité d’identification de
   protéoformes. De plus, des méthodes de filtre par approximation basées
   sur le spectre sont employées pour le filtrage de séquences de
   protéines et la méthode de Monte-Carlo par chaînes de Markov (TopMCMC)
   est utilisée pour estimer la valeur statistiquement significative des
   identifications.

 – TopDiff (Top-down mass spectrometry-based identification of
   Differentially expressed proteoforms) compare les abondances des
   protéoformes et trouve les protéoformes exprimés différemment en
   utilisant les identifications des données de spectrométrie de masse par
   approche descendante de plusieurs échantillons de protéines.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: Qt

Autres paquets associés à toppic

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libboost-serialization1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque de sérialisation pour C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  multitâche portable pour C++

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.5)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libhts3t64 (>= 1.17)

  C library for high-throughput sequencing data formats

• dep: libpwizlite3t64 (>= 3.0.5)

  Library to load mzML/mzXML files (runtime files)

• dep: libqt5core5t64 (>= 5.15.1)

  module principal de QT⋅5

• dep: libqt5gui5t64 (>= 5.0.2)

  module Qt⋅5 d'interface graphique

  ou libqt5gui5-gles (>= 5.0.2)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5widgets5t64 (>= 5.2.0~alpha1)

  module de widgets de Qt⋅5

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libxerces-c3.2t64

  validating XML parser library for C++

• dep: toppic-common (= 1.5.3+dfsg1-1)

  Top-down proteoform identification and characterization (common data)

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
armel	1.5.3+dfsg1-1+b2	3 822,2 ko	29 888,0 ko	[liste des fichiers]