Paquet : arden (1.0-6)

[ Paquet source : arden  ]

contrôle de spécificité pour les alignements de lecture utilisant une référence artificielle

ARDEN (estimation de faux positifs dans des données NGS déterminée par référence artificielle) est un étalonnage novateur qui estime les taux d'erreur basés sur des lectures expérimentales réelles et un génome de référence artificiel généré en supplément. Il permet le calcul de taux d'erreur spécifiquement pour un ensemble de données et la construction d'une courbe ROC. Toutefois, il peut être utilisé pour optimiser des paramètres pour des mappeurs de lecture, pour sélectionner des mappeurs de lecture pour un problème spécifique mais aussi pour filtrer des alignements basés sur une estimation de qualité.

Autres paquets associés à arden

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-htseq

  Python3 high-throughput genome sequencing read analysis utilities

• dep: python3-matplotlib

  système de traçage basé sur Python dans un style similaire à celui Matlab

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
all	88,0 ko	1 161,0 ko	[liste des fichiers]