Paquet : autodock (4.2.6-9 et autres)

[ Paquet source : autodocksuite  ]

Analyse de liaison de ligand à la structure d'une protéine

Autodock est un des programmes principaux d'amarrage moléculaire (docking) de ligands de faible poids moléculaire à des récepteurs protéiques. Dans les versions précédentes le ligand était complètement flexible tandis que la protéine était rigide. La version 4 permet de considérer la protéine de manière partiellement flexible pour les chaînes latérales de résidus de surface sélectionnés en prenant en compte les rotamères.

Le programme AutoDock réalise l'amarrage moléculaire de ligands en utilisant des grilles pré-calculées qui décrivent la protéine cible en terme de préférence spatiale physico-chimique. AutoGrid pré-calcule ces grilles.

Étiquettes: Domaine: Biologie, Biologie structurale, Mis en œuvre en: implemented-in::c, interface::commandline, Rôle: Programme, Champ d'application: Utilitaire, But: use::analysing, works-with-format::TODO, Fonctionne avec: Maquette en trois dimensions, Étiquette supplémentaire nécessaire

Autres paquets associés à autodock

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• sug: autogrid

  Pré-calculer les liaisons de ligands à leur récepteur

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
arm64	4.2.6-9+b1	162,2 ko	433,0 ko	[liste des fichiers]