Paquet : gubbins (3.4-1)

[ Paquet source : gubbins  ]

phylogenetic analysis of genome sequences

Gubbins supports rapid phylogenetic analysis of large samples of recombinant bacterial whole genome sequences.

Gubbins (Genealogies Unbiased By recomBinations In Nucleotide Sequences) is an algorithm that iteratively identifies loci containing elevated densities of base substitutions while concurrently constructing a phylogeny based on the putative point mutations outside of these regions. Simulations demonstrate the algorithm generates highly accurate reconstructions under realistic models of short-term bacterial evolution, and can be run in only a few hours on alignments of hundreds of bacterial genome sequences.

Autres paquets associés à gubbins

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: python3-multiprocess

  better multiprocessing and multithreading in Python

• dep: python3-numpy

  Fast array facility to the Python language (Python 3)

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

• dep: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• rec: iqtree

  logiciel phylogénétique de maximum de vraisemblance

• sug: r-base-core

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	92,8 ko	482,0 ko	[liste des fichiers]