Paquet : pyvcf (0.6.8+git20170215.476169c-10)

[ Paquet source : python-pyvcf  ]

script d’aide pour l’analyseur de VCF (Variant Call Format)

VCF (Variant Call Format) précise le format d’un fichier texte utilisé en bioinformatique pour stocker les variations de séquences génétiques. Le format VCF a été développé avec l'avènement des projets de génotypage et de séquençage de l’ADN à grande échelle, tels que le « projet 1 000 génomes ».

Le but de ce module est d’imiter le module « csv » de la bibliothèque standard de Python, a contrario de formats plus flexibles de sérialisation tels que JSON ou YAML. « vcf » essaie d’analyser le contenu de chaque enregistrement en se basant sur les types de donnée indiqués dans les lignes de méta-information, particulièrement les lignes ##INFO et ##FORMAT. Si ces lignes sont absentes ou incomplètes, il analysera en se basant sur les types réservés mentionnés dans la spécification. En cas d’échec, il renverra simplement les chaines.

Ce paquet fournit les scripts d’assistance utilisant python3-pyvcf.

Autres paquets associés à pyvcf

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-vcf

  Variant Call Format (VCF) parser for Python 3

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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