Paquet : snp-sites (2.5.1-2 et autres) [debports]

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code binaire pour le paquet snp-sites

Ce programme découvre les positions de polymorphisme d'un seul nucléotide (SNP) dans les fichiers d’entrée au format multi-fasta (pouvant être compressés). Sa sortie peut être dans divers formats largement utilisés (Multi Fasta Alignment, Vcf, phylip).

Ce logiciel a été développé à l’institut Wellcome Trust Sanger.

Un polymorphisme d’un seul nucléotide (SNP, prononcé snip, pluriel snips) est une variation de séquence d’ADN se produisant lorsque un seul nucléotide — A, T, C ou G — dans le génome (ou une autre séquence partagée) diffère entre membres d’une espèce biologique ou de paire de chromosomes. Par exemple, deux fragments d’ADN séquencés de deux individus différents, AAGCCTA à AAGCTTA, contiennent une différence dans un seul nucléotide. Dans ce cas, il y a deux allèles. La plupart des SNP communs ont seulement deux allèles.

Autres paquets associés à snp-sites

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libsnp-sites1 (>= 2.5.1)

  bibliothèques partagées du paquet snp-sites

Télécharger snp-sites

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
x32 (portage non officiel)	2.5.1-2+b2	13,5 ko	37,0 ko	[liste des fichiers]