Paquet : libbwa-dev (0.7.18-1) [debports]

[ Paquet source :  ]

fichiers source du dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

BWA est un paquet logiciel pour mettre en correspondance des séquences à faible divergence avec un grand génome de référence tel que le génome humain. Il est constitué de trois algorithmes : BWA-backtrack, BWA-SW et BWA-MEM. Le premier algorithme est conçu pour les lectures de séquences Illumina jusqu'à 100 paires de bases, alors que les deux autres sont conçus pour des lectures de séquences allant de 70 à 1 000 paires de bases. BWA-MEM et BWA-SW partagent des fonctionnalités communes telles que la prise en charge des lectures longues et des alignements de découpages (« split alignment »), mais BWA-MEM, plus récent, est généralement recommandé pour les requêtes de haute qualité, car il est plus rapide et plus précis. BWA-MEM a également de meilleures performances que BWA-backtrack pour les lectures Illumina de 70 à 100 paires de bases.

Ce paquet fournit les fichiers source à utiliser dans d'autres programmes.

Autres paquets associés à libbwa-dev

• sug: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
x32 (portage non officiel)	155,4 ko	447,0 ko	[liste des fichiers]