Paquet : tipp (1.0+dfsg-3)

[ Paquet source : tipp  ]

tool for Taxonomic Identification and Phylogenetic Profiling

TIPP is a modification of SEPP for classifying query sequences (i.e. reads) using phylogenetic placement.

TIPP inserts each read into a taxonomic tree and uses the insertion location to identify the taxonomic lineage of the read. The novel idea behind TIPP is that rather than using the single best alignment and placement for taxonomic identification, it uses a collection of alignments and placements and considers statistical support for each alignment and placement.

TIPP can also be used for abundance estimation by computing an abundance profile on the reads binned to marker genes in a reference dataset.

Autres paquets associés à tipp

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: libgoogle-gson-java

  Converts Java objects into their JSON representation

• dep: libjenkins-json-java

  Library for transforming Java objects between XML and JSON

• dep: libjson-java

  library for transforming Java objects and XML to JSON and back again

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

• dep: sepp (>= 4.5.1+really4.5.1+dfsg-1~)

  phylogeny with ensembles of Hidden Markov Models

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	127,5 ko	222,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	127,5 ko	222,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	127,5 ko	222,0 ko	[liste des fichiers]