Paquet : gsort (0.1.4-3 et autres) [debports]

[ Paquet source :  ]

sort genomic data

gsort is a tool to sort genomic files according to a genomefile. For example, to sort VCF to have order: X, Y, 2, 1, 3, ... and the header needs to be kept at the top.

As a more likely example, if a file nneds to be sorted to match GATK order (1 ... X, Y, MT) which is not possible with any other sorting tool. With gsort one can simply place MT as the last chrom in the ".genome" file.

It will also be useful for getting files ready for use in bedtools.

Autres paquets associés à gsort

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgo22

  bibliothèque d'exécution pour les applications Go GNU

Télécharger gsort

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
sparc64 (portage non officiel)	0.1.4-3+b8	165,5 ko	1 257,0 ko	[liste des fichiers]