Paquet : yanosim (0.1-6) [debports]

[ Paquet source :  ]

simulateur de lectures pour des ensembles de données DRS de nanopore

Yanosim possède trois options :

1. yanosim model :

   créer un modèle d’inadéquation, d’insertions et de suppressions basé
   sur l’alignement de lectures de nanopore DRS à une référence. Les
   lectures doivent être alignées avec un transcriptome, c’est-à-dire sans
   alignement épissés, en utilisant minimap2. Elles doivent avoir
   le tag cs.

2. yanosim quantify :

   Quantification du nombre de lectures correspondant à chaque
   transcription dans une référence, de façon que le bon nombre de
   lectures puissent être simulées.

3. yanosim simulate :

   Étant donné un modèle créé en utilisant yanosim model et des
   comptes de lectures par transcription créés en utilisant yanosim
   simulate, simuler des lectures longues sources d’erreur pour le fichier
   fasta indiqué.

Autres paquets associés à yanosim

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-click

  kit de création d’interface en ligne de commande – Python 3.x

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux pour le langage Python – Python 3

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  outils scientifiques pour Python 3

Télécharger yanosim

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
sh4 (portage non officiel)	9,5 ko	45,0 ko	[liste des fichiers]