Paquet : proalign (0.603-6) [debports]

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logiciel d'alignements de multiples séquences probabilistes

Le logiciel ProAlign réalise des alignements de séquences probabilistes en utilisant le modèle de Markov caché. Il inclut une interface graphique utilisateur permettant de: (i) réaliser des alignements de nucléotides ou d'acides aminés (ii) visionner la qualité des solutions (iii) filtrer les régions considérées non fiables de l'alignement (iv) exporter les alignements vers d'autres logiciels

Le logiciel ProAlign une méthode progressive, telle que l'alignement de multiples séquences est créé par étapes en réalisant des alignements par paires dans les noeuds d'un arbre de guidage . Les séquences sont décrites avec des vecteurs de probabilité de symboles, et chaque alignement par paires, reconstruit la séquence ancestrale (parente) en calculant les probabilités de différents symboles selon un modèle évolutif.

Autres paquets associés à proalign

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
sh4 (portage non officiel)	164,7 ko	184,0 ko	[liste des fichiers]