Paquet : mira-assembler (4.9.6-11) [debports]

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assembleur de séquences génomiques exprimées utilisant la méthode globale

L’assembleur de fragments de génome mira est un assembleur spécialisé pour les projets classés comme difficiles car concernant un nombre élevé de répétitions. Pour la transcription de marqueurs de séquence exprimée (EST), miraEST est spécialisé dans la reconstruction de transcriptions d’ARNm pures tout en détectant et classifiant les polymorphismes d'un seul nucléotide (SNP) se produisant dans celles-ci.

L’assembleur est systématiquement utilisé pour des tâches variées telles que la détection de mutation dans différents types de cellule, l’analyse de similarités de transcriptions de divers organismes, l’assemblage de séquences pures à partir de diverses sources pour la conception d’oligonucléotides dans les expérimentations cliniques de biopuces.

Ce paquet fournit les binaires (exécutables) suivants :

 — mira : assemblage de séquences génomiques ;
 — miramem : estimation de la mémoire nécessaire pour les projets
   d’assemblage ;
 – mirabait : outil de type « grep » pour choisir les lectures pour des
   k-mer jusqu’à 256 bases ;
 – miraconvert : outil pour convertir, extraire et parfois recalculer
   toutes sortes de données relatives aux fichiers d’assemblage de
   séquences.

Autres paquets associés à mira-assembler

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  multitâche portable pour C++

• dep: libc6 (>= 2.37)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  bibliothèque C d'analyse syntaxique XML - bibliothèque d'exécution

• dep: libgcc-s1 (>= 4.2)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: mira-rfam-12s-rrna

  extract of RFAM 12 rRNA database

• sug: mira-doc

  documentation for the mira assembler

Télécharger mira-assembler

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
sh4 (portage non officiel)	2 911,8 ko	6 749,0 ko	[liste des fichiers]