Paquet : salmon (1.10.2+ds1-1 et autres)

[ Paquet source : salmon  ]

wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data

Salmon is a wicked-fast program to produce a highly-accurate, transcript-level quantification estimates from RNA-seq data. Salmon achieves is accuracy and speed via a number of different innovations, including the use of lightweight alignments (accurate but fast-to-compute proxies for traditional read alignments) and massively-parallel stochastic collapsed variational inference. The result is a versatile tool that fits nicely into many different pipelines. For example, you can choose to make use of the lightweight alignments by providing Salmon with raw sequencing reads, or, if it is more convenient, you can provide Salmon with regular alignments (e.g. computed with your favorite aligner), and it will use the same wicked-fast, state-of-the-art inference algorithm to estimate transcript-level abundances for your experiment.

Autres paquets associés à salmon

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  opérations sur le système de fichiers (chemins portables, itération sur des répertoires,⋅etc.) en C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0)

  bibliothèque d'options de programmes pour C++

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64]

• dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

  general-purpose scalable concurrent malloc(3) implementation

• dep: libjs-sphinxdoc (>= 7.4)

  prise en charge de JavaScript pour la documentation de Sphinx

• dep: libstaden-read14t64 (>= 1.14.12)

  Staden library for reading and writing DNA sequencing results

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: libtbb12 (>= 2021.12.0) [arm64]

  bibliothèque de parallélisme pour C++ – environnement d’exécution

  dep: libtbb12 (>= 2021.4.0) [amd64]

• dep: libtbbmalloc2 (>= 2017~U7) [amd64]

  parallelism helper library for C++ - runtime files

  dep: libtbbmalloc2 (>= 2021.12.0) [arm64]

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1.10.2+ds1-1+b4	3 324,1 ko	12 958,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.10.2+ds1-1+b4	3 087,7 ko	11 366,0 ko	[liste des fichiers]