comparaison visuelle de séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou mitochondriales
L’outil de comparaison CGView (CCT) est un paquet pour comparer
visuellement des séquences bactériennes, de plasmides, de chloroplastes ou
mitochondriales intéressantes à des génomes existants ou des collections de
séquences. Les comparaisons sont conduites avec BLAST, et leurs résultats
sont présentés sous forme de cartes graphiques qui peuvent aussi montrer
des caractéristiques de séquences, des noms de gènes ou de protéines, des
affectations de catégories COG et des caractéristiques de compositions de
séquences. CCT peut créer des cartes des plusieurs tailles, y compris en
cartes de 400 mégapixels pour faire des posters. Les comparaisons peuvent
être menées dans une espèce ou un genre (subdivision biologique)
particuliers, ou tous les génomes disponibles peuvent être utilisés. Tout
le processus de création de carte, du téléchargement de séquences au
redessin de cartes zoomées, peut être accompli facilement grâce aux scripts
inclus dans CCT. Les fonctions définies par l’utilisateur ou les résultats
d’analyses peuvent être inclus dans les cartes, et les cartes peuvent être
largement personnalisées. Pour simplifier la configuration du programme,
une machine virtuelle CCT incluant toutes les dépendances préinstallées est
disponible. Des tutoriels détaillés illustrant l’utilisation de CCT sont
inclus avec la documentation de CCT.
