Paquet : r-bioc-tximeta (1.22.1+dfsg-1)

[ Paquet source : r-bioc-tximeta  ]

Transcript Quantification Import with Automatic Metadata

Transcript quantification import from Salmon and alevin with automatic attachment of transcript ranges and release information, and other associated metadata. De novo transcriptomes can be linked to the appropriate sources with linkedTxomes and shared for computational reproducibility.

Autres paquets associés à r-bioc-tximeta

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.19

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-bioc-annotationdbi (>= 1.66.0)

  GNU R Annotation Database Interface pour BioConductor

• dep: r-bioc-annotationhub (>= 3.12.0)

  client GNU R pour accéder aux ressources d'AnnotationHub

• dep: r-bioc-biocfilecache (>= 2.12.0)

  gestion par GNU R de fichiers entre les sessions

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-ensembldb (>= 2.28.0)

  GNU R utilities to create and use an Ensembl based annotation database

• dep: r-bioc-genomeinfodb (>= 1.40.1)

  BioConductor utilities for manipulating chromosome identifiers

• dep: r-bioc-genomicfeatures (>= 1.56.0)

  GNU R tools for making and manipulating transcript centric annotations

• dep: r-bioc-genomicranges (>= 1.56.1)

  BioConductor representation and manipulation of genomic intervals

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-bioc-s4vectors (>= 0.42.1)

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-summarizedexperiment (>= 1.34.0)

  BioConductor assay container

• dep: r-bioc-txdbmaker

  Tools for making TxDb objects from genomic annotations

• dep: r-bioc-tximport (>= 1.32.0)

  estimations au niveau transcription de séquences biologiques

• dep: r-cran-jsonlite

  Robust, High Performance JSON Parser and Generator for R

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• sug: r-bioc-deseq2 (>= 1.44.0)

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-edger (>= 4.2.0)

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• sug: r-bioc-fishpond (>= 2.10.0)

  Differential transcript and gene expression with inferential replicates

• sug: r-bioc-limma (>= 3.60.3)

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• sug: r-bioc-tximportdata (>= 1.32.0)

  quantificateurs d’abondance de transcriptions diverses avec GNU R

• sug: r-cran-devtools

  Tools to Make Developing R Packages Easier

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
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